The most astounding fact, the most astounding fact is the knowledge that the atoms that comprise life on Earth, the atoms that make up the human body, are traceable to the crucibles that cooked light elements into heavy elements in their core under extreme temperatures and pressures. These stars, the high mass ones among them, went unstable in their later years. They collapsed and then exploded, scattering their enriched guts across the galaxy, guts made of carbon, nitrogen, oxygen, and all the fundamental ingredients of life itself. These ingredients become part of gas clouds that condense, collapse, form the next generation of solar systems, stars with orbiting planets, and those planets now have the ingredients for life itself. So that when I look up at the night sky and I know that yes, we are part of this universe, we are in this universe, but perhaps more important than both of those facts is that the universe is in us. When I reflect on that fact, I look up – many people feel small because they’re small and the universe is big, but I feel big, because my atoms came from those stars. There’s a level of connectivity.

That’s what you really want in life, if you want to feel connected, you want to feel relevant, you want to feel like a participant in the goings on of activities and events around you. That’s precisely what we are, just by being alive.

Neil deGrasse Tyson

1. Cómo molaba la asignatura de Ingeniería Genética (como ves, no viene al caso)
2. (Ésta sí) ¿Por qué no damos el cambiazo a Punset por Luis Alfonso Gámez? 

No, en serio, no tengo nada personal en contra de Eduard Punset y su programa Redes. Pero tener una televisión pública en la que el "santo y seña" sea una presentadora de marujeo crónica rosa y la ciencia se vea recluida a un dominical de 30 minutos (y menudo dominical [1]) es para echarse a llorar.

Ya no me hace falta irme a Reino Unido para envidiar a la BBC como modelo de televisión pública que respeta y promueve la educación en ciencia. Basta con irse a la televisión autonómica vasca. Basta con salir del pufo que el politiqueo impone en TVE.


Siguiendo con el tema del vídeo supra, igual os gustaría leer este post de @copepodo. Me ha parecido interesante por racional.


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[1] Y me explico: Personalmente, el formato de programa me parece muy adecuado. No tan espectacular como éste británico, por ejemplo, pero adecuado. El problema es que, por mucho esfuerzo que haga Punset en documentarse (y seguro que lo hace) sigue careciendo de la credibilidad que se le exige a un entrevistador en temas científicos, que parte de un sano escepticismo y unos cimientos epistemológicos suficientes. Además, no sé con qué criterio el equipo del programa elige temas y entrevistados, pero no deja de descolocarme. El problema más serio al que se enfrenta Redes parece ser, pues (obviando que temática y enfoque cada vez se alejan más de lo que podríamos llamar ciencia), la falta de rigor científico.

actualización 3/06/2013 Ojo al suceso que hoy copa los telediarios: http://www.publico.es/456515/huang-carlos-aguilar-el-monje-shaolin-al-que-entrevisto-punset

FameLab 

FameLab es una gran idea. Un concurso entre países a través de la divulgación científica explicada con humor por personas que trabajan en ciencia. Cada país representado por un científico convertido en monologuista que, entre risas, nos va a inyectar un puñado de nuevos conceptos.

Aunque no tan metido en la comedia, el monólogo más fascinante de los bastantes que he visto (estaría bien recordar que esta iniciativa lleva en marcha desde 2007 a nivel internacional) es el de la ganadora de la edición 2011, la representante de Chipre -Myrtani Pyeri-, hablando del amor entre madre e hijo.

España

El 14 de Mayo se encontraban cerca de una decena de científicos españoles presentando su candidatura para representar a nuestro país en la final internacional que tendrá lugar en Reino Unido este mes de junio (¡atentos!). El ganador fue Eduardo Sáenz de Cabezón, de la Universidad de la Rioja, con una charla de poco más de 3 minutos sobre teoremas. En mi opinión, ha conseguido divulgar con humor un campo tan complicado de trasladar a palabras llanas como las matemáticas. ¡Suerte, Eduardo!


Os dejo el enlace a la final española, 1h47min muy interesantes, frescos, cañeros y nada rancios, lo cual en cosas tan institucionales es muy de agradecer. Ojo a las palabras finales del ganador.

Una persona que me aprecia me animó a presentarme como candidato. Afortunadamente, porque habría hecho el ridículo, decidí no meterme en más berenjenales este año. ¡Pero todo se andará!

actualización: No fue uno de los premiados, pero Eduardo lo hizo fenomenal!!

Divulgar o no divulgar, that is the question

Divulgar la ciencia está muy bien visto por unos y muy denostado por otros, que lo consideran una tarea inútil que supone una pérdida de tiempo para los investigadores. Sobra decir que yo estoy encantado de que muchos decidan divulgar sus resultados y los de otros haciéndonoslos llegar a los profanos. Aunque el principio de autoridad no funciona en ciencia, os dejo con alguien que merece la pena escuchar mucho más que la lectura de las palabras de este estudiante que os escribe. J.M. López Nicolás es profesor de la Universidad de Murcia y autor del genial (y polémico) blog Scientia. En los 14 primeros minutos de este vídeo habla sobre este dilema.

¡Hola a todxs!

Cartel del evento

Se acabaron los exámenes, con más o menos éxito todavía por cuantificar... Después de un mesecito de latir rápido, dormir poco y aprender mucho por fin puedo descansar, o mejor, recuperar el tiempo perdido con los libros no de texto, el séptimo arte y los planes con amigos. Ayer vi un par de conferencias que había puesto en marcadores esperando a que bajase la marea para verlas con devoción... no os las pongo porque, sinceramente, han sido un chascazo.

Pero os escribo hoy, a parte de para contaros mi vida, o lo que me interesa contaros de ella, para avisaros de otras tantas charlas que van a tener lugar en la Universidad del País Vasco - Bilbao (Paraninfo) el próximo día 25. Llevan la firma de Naukas, y el título conjunto de EL UNIVERSO EN UN DÍA. Una jornada de conferencias de 25 minutos en tándem que promete hacernos aprender mucho sobre el origen del universo, de la Tierra, de la vida y de la Humanidad...¡¡13,700 millones de años explicados en unas cuantas horas!!

Si, como yo -más por pelas que por tiempo y ganas, todo sea dicho-, no vais a poder asistir en persona (entrada libre hasta completar aforo) espero que aún podamos vernos por el streaming ;-)

STREAMING:
http://www.eitb.com/es/cultura/cultura-en-directo/

VÍDEOS
http://www.eitb.tv/es/video/naukas/2413687324001/2414580760001/antonio-osuna/ 

¡Buenos días de domingo, equipo!

Esto son hojas de sucio de cuando estaba repasando Biología para Selectividad. Saqué alguna foto antes de hacer limpieza en la habitación... Qué tiempos...

Este post es un hola-adiós bastante awkward, lo sé. Porque sólo escribo para deciros que en mi croquis mental mañana empieza la intensa recta final del curso. Estoy agotado, pero sacaré fuerzas. No sé de dónde pero, eh, la autosuperación siempre aparece al final, cuando dabas todo por perdido, algo así como las Grandes Águilas de Tolkien.

Así que probablemente estas son las últimas líneas que escribo antes de vacaciones. Voy a ir a por todas con los estudios y no se puede estar a todo. Para intentar superar mi ausencia (;D) os recomiendo consagrados blogs de divulgación como Jindetrés, Scientia, La Ciencia y sus Demonios, Naukas -que últimamente yo ni piso- y, cómo no, al recién nacido In vivo veritas, que está estrenándose con artículos fenomenales.

Si alguien me necesita que pegue un grito, que las montañas de apuntes amortiguan bastante el sonido...

¡¡Hasta junio!!



actualización 25/05/2013: Valió la pena... Ü

Ayer descubrí este vídeo vía @alvaropascual84. Estas 24h he incubado tal obsesión por él que hoy os lo traigo a tres14. Alucinante cómo un niño de 7 años puede darnos lecciones de ciencia (this is my hypothesis), perseverancia (if you don't succeed, try try again!) and y pasión (it's crazy IT WOOOOORKS!)


En la descripción del vídeo dice que Audri quiere ser físico teórico de mayor y que pretende estudiar robótica en el MIT.

Feliz semana ;)

Homeopatía. Homeópata. Homeopático. La raíz etimológica de todo esto procede del griego ὅμοιος homoios, ‘similar’ y πάθος pathos, ‘sufrimiento’. Su éxito comercial procede de la ignorancia. Porque quien más quien menos, lo hemos oído alguna vez pero, ¿qué es la homeopatía?

A grandes rasgos, una doctrina que se ha autoproclamado medicina alternativa. Nada más lejos, y vamos a ver por qué. El fundamento de los llamados tratamientos o "medicamentos homeopáticos" es administrar al paciente una dosis de una determinada sustancia diluida en agua. La guasa está en que se buscan sustancias que produzcan los mismos síntomas de la enfermedad que se pretende curar, es decir, los mismos síntomas que ya presentamos.
La lógica nos dice que esto no puede mejorar nuestra salud sino si acaso agravar nuestra enfermedad... pero es que ni eso. El timo va un paso más allá: esta dilución de la sustancia perniciosa x en agua se vuelve a diluir más veces: Se toma un poco de la primera disolución y se añade agua, se toma otro poco de esta segunda disolución y se añade nuevamente agua... y así sucesivamente. Algo que en ciencia se llama diluciones seriadas. Pero esto de científico no tiene nada.


La cosa es que cuando compras un frasco de "medicamento homeopático" en la farmacia (sí, se venden en las farmacias) lo que consigues es en la mayoría de los casos un frasco con bolitas de glucosa impregnadas de esta mezcla curalotodo. Una mezcla que por otro lado, a estas alturas, no es más que agua y apenas presenta la sustancia x del principio. [1]

En este punto, nuestro Gargamel homeópata, que no tiene ni puñetera idea de Química pero está acabando Empresariales, le da vueltas al coco durante días hasta encontrar una razón que justifique la pasta gansa que piensa cobrar por los frasquitos de glucosa mojada en un agua que por no saber, no sabe ni a tocino. 

¡Ajá! ¡Diré que el agua tiene memoria, y sus átomos asimilan las propiedades curativas de la sustancia x!

Ya os he dicho que nuestro homeópata estudia Empresariales, así que no se lo tendremos en cuenta... pero lo cierto es que cualquiera se daría cuenta de que 1. la sustancia x no tiene propiedades curativas y 2. el agua es una molécula. Una molécula maravillosa que sirve de icono a este blog, con su átomo de oxígeno compartiendo electrones con dos de hidrógeno en una disposición angular... pero nada más que eso. No tiene memoria. [2]
 
Resumiendo: La homeopatía no tiene ningún efecto sobre nuestra salud, ni bueno ?. Sobre nuestro bolsillo sí puede hacer estragos.

Acabo de encontrar este vídeo. Es una parodia sobre el tema, es cortita y está curiosa así que os aconsejo echarle un ojo (está en inglés pero subtitulado a castellano)...





[1] Es verdad. Hay quien dice que las píldoras homeopáticas le han hecho efecto. La razón está en un componente psicosomático y en el efecto placebo (en palabras llanas: "que sí que sí, que estoy mucho mejor")
[2] El porqué de que el agua no pueda asimilar las propiedades x, desde un punto de vista físico, lo han analizado en detalle en Hablando de Ciencia. Anda, léetelo que está bien interesante (artículo)

Veo en el blog de ALLPE  este vídeo: Un time-lapse tomado durante hora y media, a fotograma cada 4 segundos. Lo sé, debería hacérmelo mirar, me vuelven loco los time-lapses.



Pero me pirra más saber que todo ese hilo es una sola molécula.

FIBROÍNA

Quédate con ese nombre. Es el de una proteína fibrosa de la que... ¡Espera! ¿Fibrosa? Pozí: la mayoría son globulares, con una forma apatatada, pero también las hay que tienen forma alargada, de fibra, como el colágeno o, ea, la fibroína. La misma molécula que forma los hilos del capullo que tejen los gusanos de seda tragamoreras (lepidópteros) que tuve de peque.Y que tú debiste haber tenido, si eres de los que presume de infancia. Pero sigamos...

(a) te enseña cómo se unen entre sí varias moléculas de fibroína, como si fuese una cremallera. (b) es una microscopía electrónica de los conductos que la secretan (los colorines ya sabeis que se ponen con el ordenador, porque los microscopios electrónicos solo pueden darnos imágenes en blanco y negro (imagen)

La verdad es que, glamour aparte, es una proteína bastante monótona:

Fórmula química de la unidad reperepetitiva que constituye la fibroína (Wikipedia)

Proteína normalucha, con preponderancia de aminoácidos polares o hidrofílicos en la superficie, que permiten que se disuelva en ambientes acuosos (por ejemplo en la sangre, la saliva...)

Una ristra de glicinas, alaninas, y serinas esporádicas. Si eres un pro de la bioquímica ya sabrás que alanina y glicina son aminoácidos hidrofóbicos, o sea, que rehúyen la interacción con el agua. Y menos mal, porque si no, los hilos de las arañas se disolverían con el agua del rocío todas las mañanas... ¡y buenos 90 minutos le ha costado a nuestra amiga montarse este cepo tan elegante como para repetirlo todos los días! De hecho, esta es otra característica que diferencia a fibroína de las demás: normalmente, sólo la mitad de los aminoácidos de una proteína son hidrofóbicos, y el resto son hidrofílicos, de manera que, al plegarse, lo hace de tal manera que forma un núcleo hidrofóbico en el interior, protegido del agua por una costra externa donde predominan los aminoácidos hidrofílicos. Esto es lo normal, pero era too mainstream para fibroína.

Te decía en el título del post que ese hilo por el que se descuelga una araña es un hilo molecular, y es verdad. Un montón de moléculas de fibroína interaccionan entre sí como si fuesen una cremallera, engarzando unas moléculas con otras vía interacciones débiles. Tanto a lo ancho como a lo largo, para dar un hilo que podemos ver a simple vista. De hecho, dice mi profe de Estructura de Proteínas que si descuelgas una araña desde el Empire State (si no fuera porque se quedará sin nutrientes por el camino) construiría un hilo de todo-fibroína hasta llegar al suelo.

La bioquímica es apasionante...

Permitidme confesarlo: Estoy triste. 

El Ministerio de ¿Educación? ha decidido eliminar el Programa de Recuperación y Utilización Educativa de Pueblos Abandonados. En España hay miles de pueblos donde ya no vive nadie. En tres de ellos, al menos, existía hasta ahora un Programa de Recuperación y Utilización Educativa, en marcha desde hace 29 años. En cuatro turnos cada verano, se convocaban becas para jóvenes con las que, además de reavivar estos pueblos, se fomentaba la solidaridad, cooperación y respeto por la naturaleza y el mundo rural. El MECyD ha decidido ahora eliminar también este programa, condenando a un segundo y definitivo abandono a Búbal (Huesca), Granadilla (Cáceres) y Umbralejo (Guadalajara). Un maravilloso programa de voluntariado que no merece perderse. Intentémoslo juntos :D




¡¡De antemano muchísimas gracias!!
¡Tenemos hasta el 4 de marzo! 
Peticiones:
www.change.org/es/peticiones/ministerio-de-educaci%C3%B3n-cu…
www.change.org/es/peticiones/ministerio-de-educaci%C3%B3n-cu…

 Nivel: pelín avanzado

Hace algunas semanas tuve la oportunidad de preparar un seminario sobre este proyecto, y después de leer varios papers sobre el tema, he querido traer a tres14 algunos datos que este mastodóntico consorcio, que ha aglutinado desde 2007 a cientos de investigadores de todo el globo [1] , ha arrojado sobre nuestro genoma. Estoy hablando de ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements):

Se han mapeado no sólo las regiones del genoma que codifican para proteínas, sino también todas aquellas regiones que se transcriben a RNA no codificantes, sitios de unión de factores de transcripción, o sitios de modificaciones químicas (metilaciones sobre todo) tanto a nivel de DNA como a nivel de las proteínas histonas en las que se encuentra engarzado en los cromosomas. Regiones de cuyo funcionamiento y organización sabíamos poco o nada. ¿El objetivo? Caracterizar todos los elementos funcionales encriptados por nuestro genoma, es decir, todos aquellos elementos que codifican para un producto (RNA o proteínas) o bien que guardan una estructura específica y reproducible (como la heterocromatina).

Haciendo números:

• 20687 genes codificantes para proteínas
• ...constituyendo sólo el 3% (2.94%) de nuestro genoma!
• 11224 pseudogenes: secuencias originadas a partir de un gen activo pero que ya no tienen actividad
• 80.4% de nuestro genoma cubierto por al menos un "elemento funcional" caracterizado... lo cual significa que a esta enorme proporción del genoma humano, que hasta ahora considerábamos literalmente "basura" (junk DNA) se le ha podido asignar al menos una función bioquímica!

Se ha visto, por ejemplo, que los patrones de modificación química de las histonas varían mucho a lo largo del genoma, algo coherente con cambios en la actividad transcripcional diferente entre unas regiones y otras. De hecho, se han tabulado potenciales funciones asignadas a cada modificación química concreta, pongamos, una acetilación o metilación en una región específica de una histona tipo H3.

Se han descubierto también cientos de interacciones entre regiones muy separadas en el cromosoma, incluso distantes por cientos de pares de bases. Suma y sigue de regiones que, sin codificar para un producto concreto, sí son cruciales en la regulación de la expresión de nuestros genes. De hecho, parece que la regulación es más importante que los propios genes, o al menos tiene más espacio dedicado en el genoma. Esto dibuja una maraña de fibras de DNA interconectadas entre sí en los cromosomas, formando una red, y además específica para unos tipos celulares y otros.

El proyecto, apoyado en otros de menor envergadura, también hace sus pinitos en el estudio de las variantes genómicas asociadas con enfermedades humanas. Se ha descubierto que a menudo las minúsculas variaciones (SNPs, single nucleotide polimorphisms) responsables de estas enfermedades no caen en las regiones codificantes sino precisamente fuera, en esos rincones de nuestro genoma de los que no sabíamos casi nada, y es ahí donde ENCODE entra en el juego. El hito aquí es ser capaces de asignar cada variante posible del genoma a su impacto en la salud humana, dando una nueva dimensión al estudio de las enfermedades con base genética, cáncer, enfermedades raras...


Hace cosa de una década el Proyecto Genoma Humano (HGP, Human Genome Project) escribió la secuencia de un genoma humano 'tipo' en 3000 millones de pares de bases. Varios libros escritos con cuatro letras: G, T, C, A. El pasado otoño, el consorcio ENCODE lanzaba simultáneamente unas 30 publicaciones para dar a conocer las conclusiones de este estudio, que ha conseguido traducir los millones de letras de nuestro genoma en funciones biológicas. Pero hay mucho por descubrir todavía. The best is yet to come!


Referencias:


 The ENCODE Project Consortium (2012). An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome Nature, 489 (7414), 57-74 DOI: 10.1038/nature11247

The ENCODE Project Consortium (2011). A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) PLoS Biology, 9 (4) DOI: 10.1371/journal.pbio.1001046
 
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[1] Entre ellos el Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) de Madrid, o el Centro de Regulación Genómica (CRG) de Barcelona. Lo digo por aquello de la "marca España"...

¿Habías leído alguna vez un paper que termine con palabras de amor? ¿No, eh?

Bror Strandberg

Acknowledgements
I thank Georgina Ferry for reading and correcting my original draft of this manuscript, and Sheryl Kelly for help in its preparation for publication. 1959 was both a year of joyful discovery and a year of domestic problems for me. I remain enormously grateful to Lola and Dick Dickerson for their extremely kind and generous help without which I would not have been able to do the work described in this article. Similarly, the concern of Max and Ann (Cullis) Kennedy for my welfare remains an overriding component of my memories. Although Max was not initially a fan of computerized technology, he was always willing to search for ways to satisfy my appetite for what I deemed necessary within reasonable financial limits. I also thank David Blow for the fun years we had together, as well as my two “computer girls” Jill (Collard) Dawes and Angela (Campbell) Mott for their outstanding technical help and lifelong friendship. Finally and most importantly, I thank my wife Audrey for her faithful loving support in the face of strong competition from science, my other love.

Iba a hablar de un personaje de la farándula furgolera que decía que "no somos científicos, no somos tan fríos”, pero hoy veníamos a hablar de amores.

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Referencia:
 
 Bror Strandberg, Richard E. Dickerson and Michael G. Rossmann (2009) 50 Years of Protein Structure Analysis J. Mol. Biol. 392, 2–32.  DOI: 10.1016/j.jmb.2009.05.024 [Vía mi profe de Estructura de Macromoléculas]

Lo sé. Sé que os tengo abandonados... Estoy teniendo un arranque de cuatrimestre bastante liado, exposición sobre ENCODE en inglés este jueves incluida. Sí que me ha dado tiempo a ver un vídeo muy bueno sobre homeopatía. Me preocupa hablar de escepticismo aquí, la verdad. Ríos de tinta píxeles negros han corrido sobre el tema en los blogs de divulgación, y sin embargo no conseguimos llegar a los que prefieren ignorar la razón de la ciencia y entregarse a la fe en algo que "funciona".

¡No perderse el vídeo!



Feliz semana ;)

Antes que nada, ¡feliz año! Y bienvenidos a los últimos seguidores de tres14: estais en casa ;-) Vuelvo a la blogocosa después de unas semanas duras preparando los exámenes finales de la Universidad.

Hoy he ido a parar a un artículo, genial como de costumbre, de Gominolas de Petróleo, un blog sobre ciencia y nutrición que os animo a no dejar de leer. Peloteo aparte, es cierto que últimamente parece estar más en la calle que nunca el tema del derroche de comida. Datos como

"Con todos los alimentos que se tiran en EEUU y Europa, se podría dar de comer a todas las personas que pasan hambre en el mundo... tres veces"
Fuente: Documental Taste the Waste

caen como una losa sobre nuestras conciencias, y personalmente es un tema que me ocupa y preocupa mucho. ¿Hasta dónde es nuestra responsabilidad? O más importante: ¿hasta qué punto tenemos capacidad de darle la vuelta a la tortilla? Como sea, solo podremos hacerlo estando informados. Además de esas dos referencias, os dejo un TED muy interesante: